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论文精读、逐图分析、证据边界、数据入口与可复现路线。
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生信知识库
把文献精读、研究问题、生信方法和自动化工作流整理成可检索、可引用、可持续更新的知识条目。
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2026/10/27最近更新
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巨噬细胞—伤害感受器机械感受中继驱动慢性内脏痛
有 DOI 和期刊的单篇原创研究，按本库规则保存结构化 paper note
知识库入库与发布流程
从本地材料收件、精读、正式归库，到全文搜索、构建验收和加密发布的维护流程。
clip-to-wiki｜网页剪藏自动归库
clip-to-wiki 是用于处理网页剪藏 Markdown 的 Claude Code skill。它的目标不是简单移动文件，而是把网页剪藏作为“证据层资料”读完后，自动判断应该进入哪个 LLM Wiki 主库，并完成基础归库更新。 从外部平台直接提供 URL 时，使用 $hz-link-to-wiki 获取正文并建立笔记；已经保存为 Clippings/ .md 的本地 Markdown 继续使用 /clip-to-wiki Cl…
mcp-zenodo 配置（Codex）
mcp-zenodo 是 Zenodo 的 MCP 服务器，用于让 LLM 直接搜索 Zenodo record、读取元数据、获取引用和列出/下载文件。项目主页为 Cloud Native Build： ，PyPI 包名 mcp-zenodo 。 在 ~/.codex/config.toml 追加： 检查： zenodo 状态应为 enabled 。 mcp-zenodo ：查询、元数据、引用、列文件、按需调用。 /hz-zenodo-…
单细胞动态分析：Vector Field 向量场分析 与 RNA velocity / scVelo 的关系
单细胞动态分析的三个层次：RNA velocity（原理）、scVelo（计算工具）、Vector field analysis（高层次动态建模）。梳理概念、能做什么、能证明什么、与 scVelo 的区别，以及常见方法（CellRank、Dynamo、scTour）。
单细胞+生存分析怎么做？scSurv：深度学习算法评估每个细胞对患者生存结局影响
CNS | 参考文献 scSurv 算法介绍scSurv是一种面向单细胞层面的生存分析方法，其核心目标是
Basic Demo Workflow
Author: Severin Dicks Copyright scverse In this notebook, we demonstrate the GPU-acceleration capabilities of rapids-SingleCell for efficient single-cell analysis. This tutorial showcases how to le...
论文校样阶段，如何高效解决参考文献插入问题
EndNote 校样阶段参考文献整理标准流程：备份、去重、Traveling Library、批量补 DOI、反向验证、脏数据检查。
Zotero 论文导入与 Obsidian 归档工作流
Zotero-oriented paper import, Obsidian archiving, figure extraction, and Chinese report workflow for new papers or clipped notes.
Project: Periodontitis Bioinformatics
能否基于公开转录组和单细胞数据，识别牙周炎中稳定、可解释、可验证的炎症相关 biomarker 或细胞状态？ 牙周炎是口腔医学中高发的慢性炎症性疾病。公开数据库中已有较多牙周炎相关表达谱数据，适合进行可复现的生信分析。但已有研究常见问题是： 单数据集筛基因，缺少外部验证； 只做 biomarker 模型，机制解释不足； bulk 分析和单细胞分析割裂； 免疫浸润结果缺少细胞来源验证。 牙周炎组织中存在稳定的 inflammatory i…