摘要LLM 归库摘要

• 核心内容： 张泽民团队两篇论文的全场景单细胞配色拆解合集：①Pan-cancer B cell subtypes（多色/四色/三色/双色离散色板）；②Liver tumour immune microenvironment（多色/三色/两色 + Diverging/Sequential 连续变量渐变色阶）。
• 适用场景： 单细胞 UMAP/t-SNE 亚群配色、组织来源/临床分组柱状图箱线图、Log2FC/表达量热图、细胞通讯气泡图与 FeaturePlot 密度图。
• 输入： R 环境 + ggplot2；pal_npg() 需 ggpubr 包，brewer.pal() 需 RColorBrewer 包。
• 输出： 可直接用于 scale_color_manual / scale_fill_manual 的离散色板向量，以及 colorRampPalette 生成的连续色阶。
• 关键参数： 01 多色 19+9+9 色、四色 16 色、三色 15 色、双色 10 色；02 多色 6 组（5-12 色）、三色 3 组、两色 3 组；连续变量 Diverging（RdYlBu/Spectral/RdBu/navy-white-firebrick）与 Sequential（Reds/Greens/YlOrRd）。
• 常见错误： 01 的 03/04 组与原代码同名 Subset_color_panel 会互相覆盖，建议改名；pal_npg 依赖 ggpubr；brewer.pal 依赖 RColorBrewer。
• 与口腔生信连接： 牙周炎/OSCC 单细胞 UMAP 亚群、组间比例图、Marker 热图可直接套用这两套色板，形成与 CNS 文章一致的发表级配色。
• 下一步处理： 暂未试用；建议下一个单细胞项目作图时套用，对比默认配色效果后沉淀"使用记录"。
• 归库说明： 分类到 03 生信教程与工具库（可视化与配色工具页），置信度 0.9，理由：公众号配色教程合集、含可复用 R 代码，非单篇论文剪藏。

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系列说明

来源公众号：R科生。本页为 CNS 级配色系列合集，收录两篇张泽民团队论文的色板拆解：

两篇互补：01 覆盖离散分组，02 补充连续变量色阶（正好补上 01 篇付费区缺失的热图渐变色）。

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01 · Pan-cancer B cell subtypes

核心色板适用场景#

色板速查#

• 01 多色：Subset_color_panel1（19 色）、Subset_color_panel2（9 色）、Subset_color_panel3（pal_npg 9 色）→ UMAP/t-SNE 大群数分群
• 02 四色：16 色，按 4 色为一组 → 分组柱状图/箱线图
• 03 三色：15 色，按 3 色为一组 → 三分组对比
• 04 双色：10 色，按 2 色为一组 → 两两对比
• 05 连续变量：原文付费区未剪到代码；已由本页 02 篇渐变色阶 补充通用方案

R 颜色代码#

# ===== 01 多色（UMAP / t-SNE，15-20 亚群）=====
Subset_color_panel1 <- c(
  "#e5d25b", "#599014", "#e78071", "#a82d06",
  "#4592bf", "#d38219", "#74a764", "#8ca2b4",
  "#cbb190", "#e7ca8d", "#9d9ec3", "#ebafa4",
  "#5e8a89", "#ecd577", "#7c606c", "#5c6489",
  "#ECE4B7", "#D36135", "#467599"
)

Subset_color_panel2 <- c(
  "#CED6C3", "#98C9DD", "#207CB5", "#A6D38E",
  "#37A849", "#F69595", "#EB2A2A", "#FCBA71",
  "#f78200"
)

Subset_color_panel3 <- pal_npg("nrc")(9)   # 需 library(ggpubr)

# ===== 02 四色（Tumor / Blood / Adjacent 等分组）=====
Subset_color_panel <- c(
  "#5BC0EB", "#9BC53D", "#C3423F", "#FDE74C",
  "#E18727", "#0072B5", "#BC3C29", "#20854E",
  "#DEF1F5", "#D83215", "#FAD9C5", "#0F7B9F",
  "#EF7B1B", "#643A90", "#ADD487", "#6BC3D0"
)

# ===== 03 三色 =====
# 注意：原名与 02 相同（Subset_color_panel），直接运行会覆盖，建议改名再使用
Subset_color_panel <- c(
  "#78290f", "#ff7d00", "#ffecd1",
  "#e76f51", "#f4a261", "#e9c46a",
  "#5BC0EB", "#9BC53D", "#C3423F",
  "#0F8C43", "#D0D72F", "#ED8F26",
  "#F4BF70", "#548BB1", "#C4545F"
)

# ===== 04 双色 =====
# 注意：原名与 02/03 相同，建议改名，如 Subset_color_panel2col
Subset_color_panel <- c(
  "#CC341B", "#187697",
  "#E5B91A", "#1068B1",
  "#94BB40", "#5CB4DC",
  "#F3A8AA", "#9FD8EB",
  "#CC341B", "#D3D3D3"
)

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02 · Liver tumour immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity

拆解论文：张泽民团队《Liver tumour immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity》。色板分多色、三色、两色、连续变量映射四类，颜色代码见下。

R 颜色代码#

# ===== 01 多色（UMAP / t-SNE 亚群）=====
my_palette1 <- c(
  "#9D2B28", "#42A35B", "#88CBC0", "#BBD984", "#9D7BB5",
  "#BBB7D6", "#C4D8EB", "#91B9D3", "#EE7C6F", "#F09BB0",
  "#F5B267"
)
my_palette2 <- c(
  "#9BC0D4", "#256C9F", "#A7CB83", "#2C8A3A", "#E6908F",
  "#C82520", "#ECB46A", "#E47820", "#D0BEDA", "#6B4C9C",
  "#F5D73D", "#C99577"
)
my_palette3 <- c(
  "#8DD3C7", "#FFFFB3", "#BEBADA", "#B3DE69", "#FB8072",
  "#80B1D3", "#FCCDE5", "#FDB462"
)
my_palett4 <- c(   # 注意原文即写作 my_palett4（少个 e），建议改名 my_palette4
  "#C2E3DD", "#FCFAD7", "#DBD8E9", "#D5E7B2", "#F6BAB4",
  "#BCD5E5", "#F8E1ED", "#FAD6AD"
)
my_palette5 <- c(
  "#62B99D", "#F5E66C", "#B179B1", "#F6CADE", "#ACD16C",
  "#D5241F", "#A1C9DB", "#357DAE", "#86A1AD", "#F5CA9A",
  "#D1BDD6"
)
my_palette6 <- c(
  "#DA4B35", "#4DB1C9", "#129981", "#3A5182", "#EA977C"
)

# ===== 02 三色（三分组对比）=====
my_palette7 <- c("#D95858", "#427AAF", "#B37652")
my_palette8 <- c("#F4B163", "#88CBC1", "#BCB9D7")
my_palette9 <- c("#F08961", "#63BA9F", "#8B9CC5")

# ===== 03 两色（两两对比）=====
my_palette10 <- c("#C92521", "#3271A2")
my_palette11 <- c("#EF8961", "#63B99F")
my_palette12 <- c("#AA562C", "#F5CF1F")

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连续变量渐变色阶（来自 02，补 01 缺失项）

适用于 Log2FC 差异热图、基因表达量热图、UMAP 连续特征、细胞比例/评分。colorRampPalette 来自 R 自带 grDevices；brewer.pal 需 RColorBrewer 包。

# ===== Diverging（双向，0 居中性变量）=====
# 适合 Z-score、LogFC：高值一色 / 低值另一色，中间白或浅色
my_colors <- colorRampPalette(rev(brewer.pal(11, "RdYlBu")))(50)
my_colors <- colorRampPalette(rev(brewer.pal(11, "Spectral")))(50)
my_colors <- colorRampPalette(rev(brewer.pal(11, "RdBu")))(50)
color     <- colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(50)

# ===== Sequential（单向，从低到高）=====
# 适合表达量、百分比：单一色系由浅到深
my_colors <- colorRampPalette(rev(brewer.pal(11, "Reds")))(50)
my_colors <- colorRampPalette(rev(brewer.pal(11, "Greens")))(50)
my_colors <- colorRampPalette(rev(brewer.pal(11, "YlOrRd")))(50)

选色建议：

• Z-score / LogFC（有正有负） → 用 Diverging（RdBu / Spectral / navy-white-firebrick）。
• 表达量 / 百分比（≥0） → 用 Sequential（Reds / Greens / YlOrRd）。
• 配合 ggplot：scale_fill_gradientn(colors = my_colors) 或 scale_fill_gradient2(low, mid, high)。

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使用建议

1. 离散配色：传给 ggplot 的 scale_color_manual(values=...) / scale_fill_manual(values=...)，或 Seurat DimPlot(cols=...)。
2. 连续配色：scale_fill_gradientn(colors=my_colors)，或 scale_fill_gradient2(low, mid, high)。
3. 避免覆盖：
   • 01 篇的 03/04 组与原代码同名（Subset_color_panel），复用时建议重命名（如 panel_tricolor、panel_duocolor）；
   • 02 篇 my_palett4 原文少一个 e，建议改名 my_palette4。
4. 包依赖：pal_npg() 来自 ggpubr；brewer.pal() 来自 RColorBrewer；colorRampPalette() 为 R 自带。未安装时先 install.packages(c("ggpubr", "RColorBrewer"))。

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与口腔生信连接

• 牙周炎 / OSCC 单细胞项目的 UMAP 细胞亚群配色（01 篇多色面板，10-20 群；或 02 篇 my_palette1-6）。
• 组织来源分组（Tumor / Blood / Adjacent）柱状图、比例图可用 01 篇四色面板或 02 篇三色/两色面板。
• Marker 表达热图、Log2FC 差异热图用 02 篇的 Diverging / Sequential 渐变色阶。
• 套用后建议在本页下方追加"使用记录"，沉淀实际效果与微调。

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待补充

• 01 篇原文付费区（可试读 92%）的 RO/E 评分专用色阶 仍缺失——通用 LogFC/表达量色阶已由 02 篇补齐，但 RO/E 评分如属专属配色仍需原文确认。
• 02 篇原文"连续变量映射"配图与说明细节（图中标注）未逐条转录，如需可补。

原始出处

• 01：R科生《【CNS 级配色 01】张泽民：全场景单细胞色板拆解》 — https://mp.weixin.qq.com/s/raaFRAyASUiE8ZKTNlAokw
• 02：R科生《【CNS 级配色 02】》 — https://mp.weixin.qq.com/s/hSNhVvVMBxszEbQKDfL0Sw

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