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教程、工具介绍和代码文章存档。

15 篇笔记最近更新 2026/10/26
网页教程2026/10/26
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单细胞实战之 Ro/e、Augur、miloR——入门到进阶(中级篇4)

[!info] 原文存档说明 本页保留原文的标题、方法顺序、关键段落和示例边界;原文中的 17 张图片已本地化到 02 wiki/methods/attachments/单细胞Ro e Augur miloR/ 。原文示例代码依赖特定 .qs 对象和结直肠癌位置字段,已另行整理为参数化脚本,见 03 生信教程与工具库/02 wiki/methods/单细胞Ro e Augur miloR-细胞分布扰动差异丰度分析 与远程仓库 01 单细胞/1.5 Roe Augur milo

clippings单细胞Ro/eAugurmiloR
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网页教程2026/10/26
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使用R语言美化PCA图

[!summary] 原文证据摘要 文章介绍两种 PCA 结果可视化:使用 FactoMineR::PCA() 和 factoextra::fviz pca ind() 美化二维样本图,以及使用 pca3d::pca3d() 绘制三维 PCA。示例数据是 R 自带的 iris 数据集。 标题: 使用R语言美化PCA图 公众号/作者: 医学和生信笔记 / 阿越 发布时间: 2021-12-30 21:51 原文链接: 浏览器核验结果: 页面包含“美化普通的二维PCA图”和“画一

clippings生信教程Bulk转录组PCAR语言factoextra
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【操作指南】- Zenodo数据快速下载

原创 河山 牛瞎哞 2026年5月7日 19:05 上海 ZENODO 是一个由 CERN(欧洲核子研究组织)数据中心所支持的科研数据存储库,使研究人员能够保存和分享他们的研究成果。但是网页直接点击下载数据的速度较慢,并且容易中断。Zenodo 官方 REST API 支持 Records 和 Files 访问,所以网页下载慢时,用 API/命令行更稳定。在此分享更加快速稳定的数据下载方法:Python 获取文件列表 + aria2c 断点续传下载 + MD5 校验。 直接点

clippingsZenodoaria2数据下载
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PCA主成分分析实战和可视化 | 附R代码和测试数据

[!summary] 原文证据摘要 文章给出从表达矩阵读入、可选 MAD 过滤、 prcomp() PCA,到碎石图、样本图、分组置信椭圆、变量贡献图和 biplot 的一套完整示例;同时讨论中心化与 scale 的选择。 标题: PCA主成分分析实战和可视化 附R代码和测试数据 公众号/作者: 生信宝典 / 陈同 发布时间: 2018-12-17 08:20 原文链接: 浏览器核验结果: 页面包含“数据初始化”“数据读入”“数据预处理(可选)”“PCA分析”“PCA结果展示

clippings生信教程Bulk转录组PCAR语言factoextra
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Cellpose(MouseLand)细胞分割项目

MouseLand 维护的通用细胞/细胞核分割项目,支持 GUI、CLI、API、3D、human-in-the-loop 训练与 Cellpose-SAM / DINOv3 新模型。

clippings暂未试用cellpose细胞分割显微图像分析Python工具
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ggbiplot-最好看的PCA作图:样品PCA散点+分组椭圆+变量贡献与相关

[!summary] 原文证据摘要 文章介绍 ggbiplot 作为 prcomp() PCA 结果的 ggplot2 可视化工具,可按组着色、添加分组椭圆、绘制变量相关向量和相关环,并以 OTU 表示范从样本 PCA 延伸到高变异 OTU 的贡献解释。 标题: ggbiplot-最好看的PCA作图:样品PCA散点+分组椭圆+变量贡献与相关 公众号/作者: 宏基因组 / 朱微金 发布时间: 2017-12-22 00:00 原文链接: 上游项目: 浏览器核验结果: 页面包含官

clippings生信教程Bulk转录组PCAggbiplotggplot2
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Bizard/skill-spec.md at main

Bizard: A Biomedical Visualization Atlas. https://openbiox.github.io/Bizard/ - Bizard/skill-spec.md at main · openbiox/Bizard

clippingsBizardR语言生物医学数据可视化暂未试用
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