OpenMolLab-在线分子对接计算与可视化作图平台

摘要LLM 归库摘要

核心内容： OpenMolLab 是一个面向生命科学研究的在线计算与设计平台。公众号文章演示其分子对接流程：上传受体和配体、设置对接盒、查看任务历史、进入结果分析，并用 PLIP Interaction Studio 生成蛋白-配体的 2D/3D 互作图。官网宣称还覆盖分子模拟、CADD/AIDD、虚拟筛选、蛋白/多肽设计、生信与多组学等模块。

适用场景： 天然产物或候选化合物与靶点的相互作用预测、虚拟筛选、先导化合物优化、分子机制解释，以及需要 2D/3D 互作图的计算化学结果展示。

输入： 受体结构支持 PDBQT/PDB；配体结构支持 MOL、MOL2、SDF、PDBQT 和 SMILES。对接盒来源可选择整蛋白、按残基、共晶配体或手动坐标。

输出： 对接数据表、能量图表、互作分析、3D 视图和运行日志；可跳转到 PLIP Figure Studio，调整互作样式后导出 SVG、PNG 或 PDF。

关键参数/步骤： 上传结构 → 选择配体来源 → 选择共晶配体或其他口袋定位方式 → 核对中心坐标与盒子尺寸 → 确认对接盒 → 提交任务 → 在任务历史查看状态和下载结果 → 在结果页打开 PLIP 作图。

常见错误/注意事项： 不要把单次对接分数直接当作亲和力结论；应结合口袋选择依据、共晶配体、重复对接、构象复核、MM/GBSA 或实验验证。关键结果应保留输入文件、参数、任务日志和输出结构，便于复核和引用底层软件。

与口腔生信连接： 可用于牙周炎、口腔鳞癌或龋病相关靶点与天然产物、抗菌剂、抗炎化合物的分子对接和互作可视化，作为干湿结合课题中的候选机制验证环节。

下一步处理： 用一个已知复合物或自有候选靶点/配体试跑，检查配体识别、对接盒定位、任务队列、结果下载和 PLIP 导出是否稳定；并对照分子对接结果如何更有说服力？15个影响结果的小技巧核查结构选择、口袋设置和结果解释。

归库说明： 分类到 03 生信教程与工具库 / 02_wiki / methods，置信度 0.93，理由：内容为在线分子对接与可视化平台流程，工具属性强；未命中敏感信息；正文无 R/Python/Shell 可复用代码块，因此未同步远程代码库。

OpenMolLab 官网入口：https://openmollab.top。帮助文档：https://www.yuque.com/canyuetian/kb/yp2vlcsn80mfik18?singleDoc#。公众号文章称“全额免费试用”，官网则区分公益使用、按平台额度的标准计算和项目合作，正式使用前应以平台内额度和当前条款为准。

平台定位#

OpenMolLab 的首页定位是“开放分子实验室”，依托 GPU/CPU 高性能计算集群，提供自主在线计算与定制科研服务。它不是单纯的命令行软件，而是把任务上传、参数设置、队列状态、结果文件和历史记录放在网页工作台里。

官网列出的核心方向包括：

分子与材料模拟：GROMACS、Amber、自组装、轨迹分析，正文另提到 MM/GBSA 与自动报告。
CADD/AIDD 药物设计：分子对接、虚拟筛选、量子化学、AI 分子设计、ADMET 与先导优化。
蛋白与多肽设计：RFdiffusion、结构生成、序列优化，并提及蛋白、多肽、抗体和酶设计。
生信与多组学：单细胞、转录组、蛋白组、代谢组与多组学整合。
其他扩展业务：中医药与天然产物研究、数据与试剂查询、科研助手等。

文章演示的分子对接流程#

1. 上传受体与配体#

文章演示的是 AIDD 药物设计中的“蛋白与化合物对接”。左侧填写受体蛋白结构，截图显示支持 PDBQT 或 PDB 文件；右侧填写配体，来源可选本地文件上传或粘贴 SMILES，页面示例支持 MOL、MOL2、SDF、PDBQT 和 SMILES。平台会渲染配体的 2D 结构，便于快速核对分子是否识别正确。

2. 设置对接盒#

页面提供“3D 蛋白结构窗口”和“对接盒控制面板”。文章示例优先使用“共晶配体”作为对接盒定位依据：平台识别到 7XO Chain A - Res 1107 - 33 atoms，点击“使用”后，系统显示已用 7XO A:1107 作为对接位点，并给出中心坐标和盒子尺寸。用户仍需确认口袋是否对应研究问题，再点击“确认对接盒”。