Starlitnightly/omicverse: A python library for multi omics included bulk, single cell and spatial RNA-seq analysis.

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OmicVerse v2 是一个面向现代转录组学与多组学分析的统一 Python 项目，覆盖 bulk RNA-seq、单细胞、空间转录组、可视化、模型分析与 AI 辅助工作流。了解更多背景，请阅读我们的论文： OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing

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1 简介#

OmicVerse v2 是一个面向现代转录组学与多组学分析的统一 Python 项目。它将 bulk RNA-seq、单细胞分析、空间转录组、可视化、基于模型的分析，以及 AI 辅助工作流整合到同一个包和文档体系中。

说明Note OmicVerse v2 现在更强调一个完整的分析平台，而不再只是单一方法集合。除了核心分析模块之外，它还包含通过 J.A.R.V.I.S. 提供的 agent 式工作流、面向 AI 客户端的 MCP 工具服务，以及持续扩展的 omicverse_guide 教程与文档系统。

2#

.
├── omicverse                  # 主要Python包
├── omicverse_guide            # 文档文件
├── omicverse_web              # Web分析平台
├── sample                     # 一些测试数据
├── LICENSE
└── README.md

3#

OmicVerse可以通过conda或pypi安装，您需要首先安装 pytorch 。请参考 安装教程 了解更详细的安装步骤和不同平台的适配（ Windows 、 Linux 或 Mac OS ）。

您可以使用 conda install omicverse -c conda-forge 或 pip install -U omicverse 进行安装。

请查看 omicverse页面 或 omicverse.readthedocs.io 上的文档和教程。

4#

4.1 OpenClaw#

OmicVerse 现在可以与 OpenClaw 项目配合进行直接交互式分析，例如：

omicverse claw 'help me annotate the lung scrna-seq'

这个模块由 ov.Agent 提供支持，适合通过对话方式分析 AnnData 。

完整教程可见 这里

4.2 MCP Server（Model Context Protocol）#

OmicVerse 提供了一个 MCP 服务器，可通过标准 Model Context Protocol 将已注册的分析工具暴露给 Claude Code 等 AI 助手。

# 安装 MCP 依赖
pip install -e "omicverse[mcp]"

# 启动服务器（stdio transport）
python -m omicverse.mcp        # 或者：omicverse-mcp
python -m omicverse.mcp --phase P0   # 仅启用核心流程工具

完整教程可见 这里

4.3 J.A.R.V.I.S 消息系统#

如果你想通过手机等消息端分析 AnnData ，可以尝试：

# 安装 jarvis 依赖
pip install "omicverse[jarvis]"

# 通过 Telegram 启动 J.A.R.V.I.S
omicverse jarvis --channel telegram --token "$TELEGRAM_BOT_TOKEN"

完整教程可见 这里

5#

omicverse基于以下四种数据结构实现。

---

该表包含已发布的工具

---

包含的包未发布或预印本

• [1] Cellula 是用于探索scRNA-seq的工具包。这些工具执行常见的单细胞分析任务
• [2] pegasus 是分析数百万个单细胞转录组的工具。它是一个命令行工具、一个python包和基于云的分析工作流的基础。
• [3] cNMF 是从单细胞RNA-Seq (scRNA-Seq)数据推断基因表达程序的分析管道。

6#

• Zehua Zeng (starlitnightly@gmail.com 或 zehuazeng@xs.ustb.edu.cn)
• Lei Hu (hulei@westlake.edu.cn)

7#

如果您想为omicverse贡献代码，请参考我们的 开发者文档 。

本地运行测试#

安装测试依赖并使用 pytest 运行测试：

pip install -e .[tests]
# 或安装最新固定依赖
pip install -r requirements-latest.txt

pytest

可选的 tests extra 和 requirements-latest.txt 文件已经包含 pytest-asyncio>=0.23 ，这是 tests/utils/ 目录下异步流式测试所必需的。

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如果您在工作中使用 omicverse ，请按以下方式引用 omicverse 论文：

OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing

Zeng, Z., Ma, Y., Hu, L. et al.

Nature Communication 2024年7月16日. doi: 10.1038/s41467-024-50194-3IF: 15.7 Q1 .

以下是一些其他相关包，如果您使用它们，请随时引用它们！

CellOntologyMapper: Consensus mapping of cell type annotation

Zeng, Z., Wang, X., Du, H. et al.

imetaomics 2025年11月6日. doi: 10.1002/imo2.70064.

9#

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本项目采用 GPL3.0 许可证。