核心概念#
口腔微生物组失衡指口腔局部微生物群落结构和功能从健康稳态转向疾病相关状态，常表现为致病相关菌群富集、群落多样性改变、宿主炎症反应增强等。
与牙周炎的关系#
牙周炎通常被视为微生物群落失衡与宿主免疫炎症反应共同作用的结果。菌斑生物膜可诱导炎症，而炎症环境又可能反过来选择适应炎症生态位的微生物，形成正反馈。
相关疾病：牙周炎
生信分析角度#
常见数据类型：
- 16S rRNA sequencing
- shotgun metagenomics
- metatranscriptomics
- host transcriptome + microbiome integration
常见问题：
- 疾病组与健康组的 alpha / beta diversity 是否不同？
- 哪些菌属或菌种与疾病状态相关？
- 微生物功能通路是否发生改变？
- 微生物特征是否与宿主炎症基因表达相关？
常见误区#
- 16S 分辨率有限，不能轻易下到菌种或菌株层面。
- 相关性不等于因果关系。
- 口腔取样部位会显著影响微生物组成。
- 批次、测序区域、数据库版本会影响结果。
对项目的启发#
如果课题关注牙周炎，可以考虑将宿主 transcriptome 与 microbiome 数据关联，但需要谨慎处理样本匹配和混杂因素。