核心概念#
免疫浸润指免疫细胞进入组织、肿瘤或炎症微环境的现象。在生信分析中，常通过 bulk transcriptome 或 single-cell data 推断不同免疫细胞类型的丰度或活化状态。
在口腔疾病中的意义#
- 牙周炎：反映中性粒细胞、巨噬细胞、T 细胞、B 细胞等参与的炎症反应。
- OSCC：反映肿瘤免疫微环境，包括 T cell exhaustion、TAM、MDSC、NK cell 等。
- 牙髓炎 / 根尖周炎：反映局部炎症细胞募集和组织破坏。
常用方法#
- CIBERSORT / CIBERSORTx
- xCell
- MCP-counter
- ssGSEA / GSVA immune signatures
- TIMER
- quanTIseq
- 单细胞细胞类型比例统计
解释时的关键问题#
- bulk 数据中的 immune score 可能同时受细胞比例和基因表达状态影响。
- 不同算法使用的 signature matrix 不同，结果不能简单等同。
- 组织类型和疾病背景会影响免疫细胞 marker 的特异性。
- 单细胞数据可以帮助解释 bulk signature 的细胞来源，但也有 dissociation bias。
常见误区#
- 只报告免疫浸润柱状图，不解释其生物学含义。
- 把算法推断的细胞比例当成真实流式结果。
- 不验证 marker gene 或不与单细胞数据交叉验证。
相关 Wiki 页面#
- 牙周炎
- 口腔鳞状细胞癌
- 巨噬细胞