这是整个 vault 的核心研究操作系统，面向「口腔医学 + 生信分析 + 课题推进」。
核心原则：
原始资料进
01_sources，可复用知识进02_wiki，真实课题进03_projects，输出成果进04_outputs，过程记录进05_logs。
快速入口#
1. 收集箱#
- 01 口腔生信研究库/00_inbox/README
2. 原始资料层#
- 01 口腔生信研究库/01_sources/README
- 数据集：01 口腔生信研究库/01_sources/datasets/公共数据整理
3. Wiki 知识层#
- 01 口腔生信研究库/02_wiki/README
- 方法入口：01 口腔生信研究库/02_wiki/methods/数据下载
- 疾病：牙周炎、口腔鳞状细胞癌
- 方法：差异表达分析、单细胞RNA测序分析、WGCNA
- 概念：免疫浸润、口腔微生物组失衡
4. 项目工作区#
- 01 口腔生信研究库/03_projects/README
- 01 口腔生信研究库/03_projects/project_periodontitis_bioinfo/project_overview
- 01 口腔生信研究库/03_projects/project_oscc_bioinfo/project_overview
- 迁入课题：01 口腔生信研究库/03_projects/课题hz
5. 日志#
- 01 口腔生信研究库/05_logs/ingest_log
- 01 口腔生信研究库/05_logs/question_log
- 01 口腔生信研究库/05_logs/analysis_log
6. 模板#
- 01 口腔生信研究库/06_templates/template_paper_note
- 01 口腔生信研究库/06_templates/template_dataset_note
- 01 口腔生信研究库/06_templates/template_method_note
- 01 口腔生信研究库/06_templates/template_project_note
与其他主库的边界#
- 文献 PDF、文献精读和汇报材料主要进入 02 文献精读与汇报库/index。
- 生信教程、服务器、AI 生信工具主要进入 03 生信教程与工具库/index。
- Claude Code、API、中转站、MCP 和自动化主要进入 04 AI_API与自动化库/index。
- 报销、每日待办、电脑系统等个人事务进入 05 个人事务与系统库/index。
- 无法确认归属的材料进入 99 待确认归档/index。
建议日常工作流#
- 新文献、新网页、新想法先放入
00_inbox/或对应主库的 inbox。 - 先生成 source note，再把稳定知识增量更新到
02_wiki/。 - 与课题相关的内容同步更新到
03_projects/。 - 每次分析、讨论、写作后，在
05_logs/留下可追踪记录。