核心定义#
口腔鳞状细胞癌（oral squamous cell carcinoma, OSCC）是发生于口腔黏膜鳞状上皮的恶性肿瘤，是头颈部鳞癌的重要亚型。
关键机制#
- 肿瘤微环境 remodeling
- 免疫逃逸
- 上皮-间质转化 EMT
- 缺氧与代谢重编程
- ECM remodeling
- 癌相关成纤维细胞 CAF
- 肿瘤相关巨噬细胞 TAM：巨噬细胞
生信研究常见问题#
- OSCC 中哪些 malignant epithelial cell states 与侵袭、转移或预后相关？
- 肿瘤微环境中哪些免疫细胞或 stromal cell states 与免疫抑制相关？
- 是否存在稳定的 prognostic signature？
- 单细胞和空间转录组能否解释 bulk RNA-seq 的预后基因模块？
- OSCC 与其他 HNSC 亚型相比是否存在口腔特异性特征？
常用数据来源#
- TCGA-HNSC 中的 oral cavity subset
- GEO OSCC bulk RNA-seq / microarray
- OSCC single-cell RNA-seq
- OSCC spatial transcriptomics
常用分析方法#
- 差异表达与通路富集
- survival analysis
- immune infiltration
- single-cell clustering and annotation
- cell-cell communication
- pseudotime / trajectory analysis
- copy number variation inference
- spatial domain analysis
当前综合判断#
OSCC 生信研究适合围绕“肿瘤细胞状态 + 肿瘤微环境 + 临床预后”构建故事线。相比单纯筛选 prognostic genes，结合单细胞或空间数据解释 gene signature 的细胞来源和空间生态位，更容易形成有机制感的研究。
尚不确定的问题#
- TCGA-HNSC 是否能代表口腔原发 OSCC，需严格筛选 anatomical site。
- bulk prognostic signature 的细胞来源经常不清楚，需要单细胞验证。
- OSCC 中 CAF、TAM、T cell exhaustion 等状态是否具有跨队列稳定性，需要多数据集比较。
对当前项目的启发#
可考虑以 OSCC tumor microenvironment 为主线，整合 TCGA-HNSC、GEO bulk、single-cell 数据，避免只做普通预后模型。
相关项目：01 hz-wiki-生信/03_projects/project_oscc_bioinfo/project_overview