Stereo-seq

4.1 Stereopy Bin 模式下游分析

原始 bin 数据（未做细胞分割）的下游流程。输入是 SAW 输出的 tissue.gef，binsize=50。

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4.2 Stereopy CellBin 模式下游分析

已做细胞分割（CellBin）数据的下游流程。输入是 SAW CellBin 输出的 cellbin.gef。

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4.3 上游定量

三个平台从原始测序数据到表达矩阵的上游步骤对照。本目录只放脚本骨架，不含数据。

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Spatiotemporal Characterization of Skin Lesions in Lupus Erythematosus

这不是一个开箱即用的复现环境。上游 fork 只提供 17 个已经执行过的 Jupyter notebook 和一张研究设计图，没有原始数据、环境文件、独立 R/Python 脚本，也没有随仓库提供 utils20250718.py。本目录保留上游源码用于查阅，同时补充输入契约、依赖清单、模块索引和 H5AD 检查脚本，方便以后迁移到自己的华大 CellBin 数据。

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