好结果，
值得一张好图。

单细胞转录组（scRNA）

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celloracle虚拟敲除-过表达实战

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细胞通讯分析

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1.3 华大 DNBelab C4 单细胞分析

本目录按教程来源和 dnbc4tools 版本拆分，避免旧版学习记录与新版流程混用。

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R对象保存格式RData_RDS_qs2

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Roe_Augur_miloR细胞分布扰动差异丰度分析

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1.6 单细胞差异分析 + 功能富集分析流程

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转录因子分析

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1.8 单细胞代谢分析（6 套可复用参考代码）

来源：KS代码 5-scRNA 单细胞代谢分析，按"从入门到深入"整理为 01–04 四个独立可复用包。

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单细胞亚群分析

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单细胞拟时序分析

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CRC_scRNAseq

Single-cell transcriptomic profiling of human colorectal cancer, including the annotation of cell types, assessing the robustness of cell types classification, the function enrichment of cell types, i

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可视化工具 MCP / 在线平台 收录库

新增工具时按 0X工具名/ 建目录，编号递增，内部保持同一套文件语义：

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01 小提琴图

小提琴图（violin plot）可视化模板索引。每个子文件夹是一个独立、可复用的绘图主题。

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热图与GO富集

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ECM纤维定量

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三元图

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umap

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富集棒棒糖图

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GSEA 结果展示

KS 原创 GSEA 结果美化函数 ksplotgsea：把 clusterProfiler 的 GSEA 结果画成一张三联图——左侧基因排名泳道，右侧并排展示 p.adjust 与 NES，一张图同时交代排名分布与显著性。

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火山图专题

火山图（Volcano Plot）是差异分析结果的标准可视化：横轴 log₂FC、纵轴 -log₁₀(padj)，三分类 Up/Not/Down。

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热图专题

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09 分组花瓣图

分组花瓣图模板：用实心圆点组成原始值点簇，用左侧竖线表示均值 +/- SEM，再用白心彩色边框圆点标记均值。适合小样本、样本级连续评分的两组比较。

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10 ClusterGvis — ClusterGVis 全功能整理

安装（fork 版本地安装）：

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Canton：科研绘图统一导出（R 包）

用 Canton 统一管理科研图的样式与导出：一个 imagesave() 覆盖 ggplot2、pheatmap、ComplexHeatmap、grid 与基础绘图；配合导出预设、主题、17 套色板和字体检查，把论文 PDF、印刷 TIFF、汇报 PNG 的多格式交付收成一次调用。附 8 条本机实测踩坑与规避。

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11 样本信息多轨道环形图（Nature Aging 2024 Fig 1a 复现）

依赖：ggplot2 dplyr tidyr patchwork（本机 R 4.5.1 / ggplot2 4.0.3 实测通过）

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双向富集

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雷达图

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相关散点图

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15 · UpSet 图（多集合交集）

长表或集合成员矩阵：每行一个元素，每列一个集合（0/1 或 TRUE/FALSE）。

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16 · 云雨图（半小提琴 + 箱线 + 散点）

长表：分组列 + 数值列（可选分面列）。

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17 · 桑基图（流向 / 构成变化）

1. 原稿用 networkD3 出交互式 HTML，但工具要静态图（进论文），所以改走

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18 · 极坐标条形图（玫瑰图）

长表：label + value（可选 group 做堆叠玫瑰图）。

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19 · 分面山脊图（ridgeline）

长表：分面列 + 分组列 + 数值列。

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20 · 蝴蝶图（双向背靠背条形）

长表：条目列 + 分组列（必须恰好两个水平）+ 数值列。

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1013 亚群富集图 — 参考图忠实重建为 SVG

把 参考/image.png（801×498 富集气泡图 panel D）像素级重建为原生可编辑 SVG。

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20261011

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MsTt模板

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细胞比例图

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增生性疤痕 & 瘢痕疙瘩 —— 单细胞 / 空间转录组数据集汇总

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学习笔记：TCGAutils — TCGA 多组学数据处理完整教程

返回 13 个 assay 的资源表（ahid / title / filesize / rdataclass / 添加日期），例如：

4.1 Bulk RNA-seq 下游分析全流程实战

Bulk RNA-seq 下游分析的四步走：

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4.2 Bulk RNA-seq PCA 美化图

本目录整理了三篇 PCA 美化图教程的可复用版本，覆盖：

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4.3 可变剪切分析（rMATS）

本专题目前是蒸馏笔记型专题：保留一份完整的流程记录与关键参数，

Zenodo加速下载

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GSA数据下载_qtransc与AI提需求

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BaiduPCS-Go网盘备份

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05 eGPS-oneBuilder_进化树 — 容器化系统发育树全套工作流

1. Apptainer SIF 镜像（推荐）：一个 .sif 文件全打包，免装任何依赖

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6.1 Geneformer(AIVC 课程)

Geneformer 在 Norman 2019 数据上的 in silico KO 扰动实战。

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0.1 空转平台选型与上游定量对照

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1.1 Visium 标准下游流程

本目录目前只有上游定量脚本；下游流程待补。

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Cell2location：Visium 空间反卷积（单细胞参考映射）

用带细胞类型注释的单细胞 RNA-seq 作为参考，估计 Visium 每个 spot 内不同细胞类型的丰度，从“组织切片上的表达”推进到“细胞类型空间分布”。

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A single-cell and spatial genomics atlas of human skin fibroblasts（皮肤成纤维细胞图谱，10x + Xenium）

健康皮肤 6 个成纤维亚型（F1-F5 + Fascia）+ 疾病特异 3 个；覆盖健康 + 23 种皮肤病 + 14 种跨组织疾病（IBD/关节/肌肉）。两大关键亚型：

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03 CosMx（NanoString / Bruker）

成像式空转，单细胞分辨率，面板基因。与 Xenium 同类，处理逻辑基本一致。

4.1 Stereopy Bin 模式下游分析

原始 bin 数据（未做细胞分割）的下游流程。输入是 SAW 输出的 tissue.gef，binsize=50。

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4.2 Stereopy CellBin 模式下游分析

已做细胞分割（CellBin）数据的下游流程。输入是 SAW CellBin 输出的 cellbin.gef。

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4.3 上游定量

三个平台从原始测序数据到表达矩阵的上游步骤对照。本目录只放脚本骨架，不含数据。

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Spatiotemporal Characterization of Skin Lesions in Lupus Erythematosus

这不是一个开箱即用的复现环境。上游 fork 只提供 17 个已经执行过的 Jupyter notebook 和一张研究设计图，没有原始数据、环境文件、独立 R/Python 脚本，也没有随仓库提供 utils20250718.py。本目录保留上游源码用于查阅，同时补充输入契约、依赖清单、模块索引和 H5AD 检查脚本，方便以后迁移到自己的华大 CellBin 数据。

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HTAN Lung：TP53 相关肺腺癌细胞与空间图谱

论文：Zhao et al., “A cellular and spatial atlas of TP53-associated tissue remodeling defines a multicellular tumor ecosystem in lung adenocarcinoma”, Nature Cancer 6, 1857–1879 (2025). [论文原文](https://ww

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