文件
| 文件 | 作用 |
|---|---|
run_spaceranger.sh |
SpaceRanger count 的标准调用（FASTQ → .h5 + spatial/） |
plot47 · 代码 1 · 图 0 · 笔记 1 · 代码库专题
1.1 Visium 标准下游流程
本目录目前只有上游定量脚本；下游流程待补。
1.1 Visium 标准下游流程（自动生成占位图）
图源：（自动生成占位图）
分析流程与参数
从专题 README 抽取；原文顺序保留，未跑过的部分照实标注。
本目录目前只有上游定量脚本；下游流程待补。
展开其余 4 个章节（工具栈、数据格式、可视化方法、参考文献等）
上游跑法
bash run_spaceranger.sh脚本里有三个必须改的变量：
| 变量 | 说明 |
|---|---|
TRANSCRIPTOME |
spaceranger mkref 生成的参考目录（见 |
FASTQ_DIR |
包含 *_R1_*.fastq.gz / *_R2_*.fastq.gz 的目录 |
IMAGE |
组织切片图（.tif 或 .jpg），没有它就没有空间坐标 |
加 --slide / --area 需要先在 10x 支持页查出该玻片的布局（A1/B1/C1/D1 等），填错会得到整片组织但坐标偏。
下游待办
- [ ]
1.2_读入与QC/：scanpy.read_visium/Seurat::Load10X_Spatial两条路径 - [ ]
1.3_去卷积/：cell2location vs RCTD vs SPOTlight 同数据对比 - [ ]
1.4_空间域识别/：SpaGCN / BayesSpace / GraphST 对比 - [ ]
1.5_差异表达/：按区域 vs 按细胞类型比例，两种口径分开
状态
run_spaceranger.sh来自本地hz-HS-spatial-analysis-release的上游整理。- 本机未运行验证：SpaceRanger 是容器化工具，本机未装。
- 需要真实 FASTQ + 玻片图才能验证；本仓库不含数据。
⚠️ 本文件与
内容重复，后续合并到一处（目前两处都留着，避免搬迁时丢东西）。04_Stereo-seq/4.3_上游定量_10x_SeekSpace_Stereo-seq/run_spaceranger.sh
分析代码
1 个源码文件，按目录顺序；本机绝对路径已替换为 ~。 代码可复制，但需要按自己的数据改路径与参数。
run_spaceranger.sh
#!/usr/bin/env bash
# ============================================
# 10x Visium 上游定量 (Space Ranger)
# ============================================
set -euo pipefail
# ---------- 配置参数（请根据实际情况修改）----------
PROJECT_DIR="/path/to/project"
SPACERANGER="/path/to/spaceranger-4.0.1"
TRANSCRIPTOME="/path/to/refdata-gex-mm10-2020-A"
FASTQS_DIR="/path/to/fastqs"
PROBE_SET="/path/to/probe_set.csv"
IMAGE_TIF="/path/to/tissue_image.tif"
SLIDE_ID="H1-8CPZTMY"
AREA="A1"
SAMPLE_ID="Spatial_Sample"
CORES=30
MEM_GB=300
# -------------------------------------------------
export PATH="${SPACERANGER}:${PATH}"
mkdir -p "${PROJECT_DIR}/runs"
cd "${PROJECT_DIR}/runs"
spaceranger count \
--id="${SAMPLE_ID}" \
--transcriptome="${TRANSCRIPTOME}" \
--fastqs="${FASTQS_DIR}" \
--probe-set="${PROBE_SET}" \
--image="${IMAGE_TIF}" \
--slide="${SLIDE_ID}" \
--area="${AREA}" \
--create-bam=false \
--localcores="${CORES}" \
--localmem="${MEM_GB}"