空间转录组

0.1 空转平台选型与上游定量对照

代码库整理的专题，README 见原始目录。

1.1 Visium 标准下游流程

本目录目前只有上游定量脚本；下游流程待补。

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Cell2location：Visium 空间反卷积（单细胞参考映射）

用带细胞类型注释的单细胞 RNA-seq 作为参考，估计 Visium 每个 spot 内不同细胞类型的丰度，从“组织切片上的表达”推进到“细胞类型空间分布”。

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A single-cell and spatial genomics atlas of human skin fibroblasts（皮肤成纤维细胞图谱，10x + Xenium）

健康皮肤 6 个成纤维亚型（F1-F5 + Fascia）+ 疾病特异 3 个；覆盖健康 + 23 种皮肤病 + 14 种跨组织疾病（IBD/关节/肌肉）。两大关键亚型：

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03 CosMx（NanoString / Bruker）

成像式空转，单细胞分辨率，面板基因。与 Xenium 同类，处理逻辑基本一致。

4.1 Stereopy Bin 模式下游分析

原始 bin 数据（未做细胞分割）的下游流程。输入是 SAW 输出的 tissue.gef，binsize=50。

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4.2 Stereopy CellBin 模式下游分析

已做细胞分割（CellBin）数据的下游流程。输入是 SAW CellBin 输出的 cellbin.gef。

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4.3 上游定量

三个平台从原始测序数据到表达矩阵的上游步骤对照。本目录只放脚本骨架，不含数据。

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Spatiotemporal Characterization of Skin Lesions in Lupus Erythematosus

这不是一个开箱即用的复现环境。上游 fork 只提供 17 个已经执行过的 Jupyter notebook 和一张研究设计图，没有原始数据、环境文件、独立 R/Python 脚本，也没有随仓库提供 utils20250718.py。本目录保留上游源码用于查阅，同时补充输入契约、依赖清单、模块索引和 H5AD 检查脚本，方便以后迁移到自己的华大 CellBin 数据。

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HTAN Lung：TP53 相关肺腺癌细胞与空间图谱

论文：Zhao et al., “A cellular and spatial atlas of TP53-associated tissue remodeling defines a multicellular tumor ecosystem in lung adenocarcinoma”, Nature Cancer 6, 1857–1879 (2025). [论文原文](https://ww

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