plot54 · 代码 0 · 图 0 · 笔记 2 · 代码库专题
本专题目前是蒸馏笔记型专题：保留一份完整的流程记录与关键参数，
4.3 可变剪切分析（rMATS）（自动生成占位图）
图源：（自动生成占位图）
从专题 README 抽取；原文顺序保留，未跑过的部分照实标注。
表达矩阵分析回答「这个基因产生了多少 RNA」；可变剪切分析回答「这些 RNA 被拼成了什么版本」。
总表达量不变时，外显子使用与内含子保留仍可能改变，进而影响蛋白结构与产量。
本专题目前是蒸馏笔记型专题：保留一份完整的流程记录与关键参数，
没有可直接运行的脚本——原教程的核心命令行（STAR 比对、rMATS 主命令）未在文中以文本形式给出。
| 参数 | 设定值 | 说明 |
|---|---|---|
| 显著事件阈值 | abs(IncLevelDifference) > 0.1 & FDR < 0.05 |
PSI 差值 0.1 是常用下限；改阈值只改筛选量，不改统计量 |
| 参考基因组 | Ensembl human release-113 | STAR 与 rMATS 的 GTF 必须同源配套，版本错配会静默产生空结果 |
--exon_s / --intron_s |
1 / 5 |
仅影响 Sashimi 图外显子块与弧线的视觉比例，不影响统计 |
--event-type |
A3SS/A5SS/MXE/RI/SE 逐类 |
五类事件各自独立出图，不能混在一个目录 |
| 文件 | 用途 |
|---|---|
|
蒸馏笔记：生物学问题、流程、工具栈、关键参数、可复制的片段（环境安装 / 结果筛选 / Sashimi 出图）、注意事项 |
rawdata fq (ENA PRJNA542095)
↓ STAR 2.7.x 比对 ← 原教程未给命令行
sorted BAM
↓ rMATS-turbo 4.3.0 ← 原教程未给命令行
out/{SE,A5SS,A3SS,MXE,RI}.MATS.JC.txt
↓ R 筛选 |IncLevelDifference|>0.1 & FDR<0.05
{type}_sig.txt
↓ rmats2sashimiplot --exon_s 1 --intron_s 5
Sashimi 图/nas1/zhangj/...）是原作者服务器的私有路径，复现时需整体替换。alternative-splicing skill。这个专题只有笔记或外部工具，没有可直接展示的源码文件。