单细胞、空间组学、可视化、服务器与生信工具的可复用教程。
定位：管理生信教程、单细胞教程、AI 生信工具、服务器、代码模板、公共工具说明和可视化资源。 📂 亚分类索引 ：03 生信教程与工具库/亚分类索引（按组学种类 + 教程类型双维度分类） 生信 AI 工具：03 生信教程与工具库/02 wiki/tools/生信AI工具 AI skill：03 生信教程与工具库/02 wiki/tools/AI skill 服务器：03 生信教程与工具库/02 wiki/tools/服务器 单细胞教程：03 生信教程与工具库/02 wiki/
双维度分类：先按 组学种类 ，再按 教程类型 。每条资源可同时命中多个分类，标注最贴切的分类即可。 Vector Field 向量场分析 — RNA velocity / scVelo / 向量场的动态分析概念 omicverse 官方教程 — 多组学 Python 库，含单细胞全流程 rapids-singlecell Demo Workflow — GPU 加速单细胞基础分析流程 GPU 加速的 11 种单细胞通路富集活性打分 — AUCell/GSVA/GSEA 等 1
单细胞动态分析的三个层次：RNA velocity（原理）、scVelo（计算工具）、Vector field analysis（高层次动态建模）。梳理概念、能做什么、能证明什么、与 scVelo 的区别，以及常见方法（CellRank、Dynamo、scTour）。
CNS | 参考文献 scSurv 算法介绍scSurv是一种面向单细胞层面的生存分析方法，其核心目标是
Conda: The easiest way to install rapids-singlecell is to use one of the yaml files provided in the conda folder. These yaml files install everything needed to run the example notebooks and get you...
Author: Severin Dicks Copyright scverse In this notebook, we demonstrate the GPU-acceleration capabilities of rapids-SingleCell for efficient single-cell analysis. This tutorial showcases how to le...
A python library for multi omics included bulk, single cell and spatial RNA-seq analysis. - Starlitnightly/omicverse
你是否上手Jupyter-Noteboook分析数据的时候感觉到有点困难？
关键词：R、RStudio、AI SDK、智能体、API Key、BASE URL、console chat、AI 辅助写代码 aisdk 全称是 The AI SDK for R ，是 YuLab-SMU 开发的 R 包，用于在 R 语言中构建 AI 驱动应用。 GitHub： 官方文档： 一句话理解： aisdk 可以把 AI 助手搬进 R console，让你在 RStudio 里直接聊天、写代码、调试、画图和运行分析任务。 尤其适合： 经常使用 R / RStudio
把差异基因状态、组织来源、共同变化基因模块和 GO 富集结果放进同一套视觉结构的 Panel 复现教程，含完整 R 代码。
UMAP 细胞群外半透明轮廓 + 左下角短箭头坐标轴 + CNS 风格主题，让单细胞 UMAP 图更受审稿人喜欢。
用三元图展示一群特征（微生物、基因、代谢物、突变）在三组间的相对比例差异，正三角形三点为组，圆点为特征，离角近表示该组比例高。
那种带有“云里雾里”感的 UMAP 如何实现呢？
张泽民团队两篇论文（Pan-cancer B cell subtypes；Liver tumour immune microenvironment）的全场景单细胞色板拆解合集：UMAP/柱状图/热图/气泡图多场景配色 + R 颜色代码 + 连续变量渐变色阶。
这套技能来自 Imbad0202/academic-research-skills ，核心目标是把「选题与研究设计 - 文献调研 - 论文写作 - 完整性核查 - 模拟审稿 - 修改 - 复审 - 定稿」拆成可复用的学术工作流。 当前已安装的 4 个 skill： Skill 版本 用途一句话 : --- deep-research 2.9.4 做深度研究、文献综述、事实核查、系统综述和研究问题澄清 academic-paper 3.1.2 写论文、写摘要、写大纲、改稿、查引
蔡司 ZEN 免疫荧光图像软件的官网下载与安装教程；文中共享账号凭据已在公开版中脱敏。
R语言保存单细胞对象格式对比教程：RData/RDS/qs2
面向 Zenodo 大数据下载的 Python + aria2c 方法教程，含完整可复用代码与 MD5 校验流程
单细胞分析教程，系统讲解 Ro/e、Augur 与 miloR 的 R 实战流程，含完整代码与方法参考文献。
三篇微信公众号教程均围绕 R 语言 PCA 计算、样本分组椭圆、变量贡献/相关和图形美化，适合作为 Bulk RNA-seq 样本 QC 与结果展示的可复用方法页。
OpenMolLab 在线分子对接、结果分析与 PLIP 图形导出流程；官网另含分子模拟、CADD/AIDD、蛋白/多肽设计与生信多组学模块。
OmicOS，我想可能是现阶段最好用的AI科学家之一
绝美全套同色系科研绘图来了~
[!info] 原文存档说明 本页保留原文的标题、方法顺序、关键段落和示例边界；原文中的 17 张图片已本地化到 02 wiki/methods/attachments/单细胞Ro e Augur miloR/ 。原文示例代码依赖特定 .qs 对象和结直肠癌位置字段，已另行整理为参数化脚本，见 03 生信教程与工具库/02 wiki/methods/单细胞Ro e Augur miloR-细胞分布扰动差异丰度分析 与远程仓库 01 单细胞/1.5 Roe Augur milo
DNBelab C4，上游定量+R语言\x26amp;Python读取
一文帮你搞定转录组联合表观组摆图逻辑1
[!summary] 原文证据摘要 文章介绍两种 PCA 结果可视化：使用 FactoMineR::PCA() 和 factoextra::fviz pca ind() 美化二维样本图，以及使用 pca3d::pca3d() 绘制三维 PCA。示例数据是 R 自带的 iris 数据集。 标题： 使用R语言美化PCA图 公众号/作者： 医学和生信笔记 / 阿越 发布时间： 2021-12-30 21:51 原文链接： 浏览器核验结果： 页面包含“美化普通的二维PCA图”和“画一
原创 河山 牛瞎哞 2026年5月7日 19:05 上海 ZENODO 是一个由 CERN（欧洲核子研究组织）数据中心所支持的科研数据存储库，使研究人员能够保存和分享他们的研究成果。但是网页直接点击下载数据的速度较慢，并且容易中断。Zenodo 官方 REST API 支持 Records 和 Files 访问，所以网页下载慢时，用 API/命令行更稳定。在此分享更加快速稳定的数据下载方法：Python 获取文件列表 + aria2c 断点续传下载 + MD5 校验。 直接点
GPU加速后1秒即可完成空转/单细胞的基因集富集打分
[!summary] 原文证据摘要 文章给出从表达矩阵读入、可选 MAD 过滤、 prcomp() PCA，到碎石图、样本图、分组置信椭圆、变量贡献图和 biplot 的一套完整示例；同时讨论中心化与 scale 的选择。 标题： PCA主成分分析实战和可视化 附R代码和测试数据 公众号/作者： 生信宝典 / 陈同 发布时间： 2018-12-17 08:20 原文链接： 浏览器核验结果： 页面包含“数据初始化”“数据读入”“数据预处理（可选）”“PCA分析”“PCA结果展示
MouseLand 维护的通用细胞/细胞核分割项目，支持 GUI、CLI、API、3D、human-in-the-loop 训练与 Cellpose-SAM / DINOv3 新模型。
[!summary] 原文证据摘要 文章介绍 ggbiplot 作为 prcomp() PCA 结果的 ggplot2 可视化工具，可按组着色、添加分组椭圆、绘制变量相关向量和相关环，并以 OTU 表示范从样本 PCA 延伸到高变异 OTU 的贡献解释。 标题： ggbiplot-最好看的PCA作图：样品PCA散点+分组椭圆+变量贡献与相关 公众号/作者： 宏基因组 / 朱微金 发布时间： 2017-12-22 00:00 原文链接： 上游项目： 浏览器核验结果： 页面包含官
AI绘图复现真的很简单吗？
Bizard: A Biomedical Visualization Atlas. https://openbiox.github.io/Bizard/ - Bizard/skill-spec.md at main · openbiox/Bizard