顶刊可视化复现

可视化工具 MCP / 在线平台 收录库

新增工具时按 0X工具名/ 建目录，编号递增，内部保持同一套文件语义：

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01 小提琴图

小提琴图（violin plot）可视化模板索引。每个子文件夹是一个独立、可复用的绘图主题。

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热图与GO富集

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ECM纤维定量

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三元图

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umap

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富集棒棒糖图

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GSEA 结果展示

KS 原创 GSEA 结果美化函数 ksplotgsea：把 clusterProfiler 的 GSEA 结果画成一张三联图——左侧基因排名泳道，右侧并排展示 p.adjust 与 NES，一张图同时交代排名分布与显著性。

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火山图专题

火山图（Volcano Plot）是差异分析结果的标准可视化：横轴 log₂FC、纵轴 -log₁₀(padj)，三分类 Up/Not/Down。

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热图专题

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09 分组花瓣图

分组花瓣图模板：用实心圆点组成原始值点簇，用左侧竖线表示均值 +/- SEM，再用白心彩色边框圆点标记均值。适合小样本、样本级连续评分的两组比较。

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10 ClusterGvis — ClusterGVis 全功能整理

安装（fork 版本地安装）：

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Canton：科研绘图统一导出（R 包）

用 Canton 统一管理科研图的样式与导出：一个 imagesave() 覆盖 ggplot2、pheatmap、ComplexHeatmap、grid 与基础绘图；配合导出预设、主题、17 套色板和字体检查，把论文 PDF、印刷 TIFF、汇报 PNG 的多格式交付收成一次调用。附 8 条本机实测踩坑与规避。

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11 样本信息多轨道环形图（Nature Aging 2024 Fig 1a 复现）

依赖：ggplot2 dplyr tidyr patchwork（本机 R 4.5.1 / ggplot2 4.0.3 实测通过）

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双向富集

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雷达图

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相关散点图

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15 · UpSet 图（多集合交集）

长表或集合成员矩阵：每行一个元素，每列一个集合（0/1 或 TRUE/FALSE）。

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16 · 云雨图（半小提琴 + 箱线 + 散点）

长表：分组列 + 数值列（可选分面列）。

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17 · 桑基图（流向 / 构成变化）

1. 原稿用 networkD3 出交互式 HTML，但工具要静态图（进论文），所以改走

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18 · 极坐标条形图（玫瑰图）

长表：label + value（可选 group 做堆叠玫瑰图）。

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19 · 分面山脊图（ridgeline）

长表：分面列 + 分组列 + 数值列。

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20 · 蝴蝶图（双向背靠背条形）

长表：条目列 + 分组列（必须恰好两个水平）+ 数值列。

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1013 亚群富集图 — 参考图忠实重建为 SVG

把 参考/image.png（801×498 富集气泡图 panel D）像素级重建为原生可编辑 SVG。

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20261011

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MsTt模板

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细胞比例图

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